本所的教育目標是以『轉譯醫學為本，奈米科技為用』，期藉由創新改良現有奈米技術，配合本校之研發中心與試製工場將研究成果轉譯成產品，並經由本校醫院體系驗證，將研究成果應用到生技產業。本所亦積極建置產業界合作交流管道，領學生觸業界，親身體驗生技產業在奈米醫學上之進展與工作狀況，並吸收相關的實務經驗，提升學生對業界的全面性了解，增加學生畢業後的就業機會，藉由基礎→臨床→產業之完整研究鏈結，培養具備高度專業生物醫學知識與奈米科技技術的工程及研究人才。
1. 就業管道：生物技術業、製藥業、化妝品業、材料科技業、醫療業、製造業、教職、公職及銷售工程師等。
2. 專業證照：考取專門技術人員檢定，如醫學工程師。
3. 進修領域：可就讀國內外臨床醫學研究所、化工所、材料所、化材所、高分子所、醫工所、生科所、奈米材料所等相關學科研究所博士班。